南通海关现为正处级单位，归属南京关区，受南京海关领导，负责南通口岸进出境货物、运输工具监管，进出境人员行李物品验放，办理征收关税和其他税费，查缉走私，编制海关统计等海关业务。截至2007年11月，南通海关下设15个科（处）室和3个副处级办事处：办公室、综合科、通关科、物流监控科、查验科、备案科、核销科、保税业务监管科、综合业务科、统计科、稽查科、政治工作办公室（机关党委、工会）、人事政工科、监察审计室、技术科、财务科、机关服务中心、驻开发区办事处(驻出口加工区办事处）、驻启东办事处。

1998年，全国打私会议后，国家在海关总署设立缉私局，配备专职缉私警察，实行海关总署和公安部双重领导、以海关总署领导为主的管理体制。根据上级的部署，1999年8月12日，南通海关缉私分局正式成立。分局下设办公室、政工办、侦查科、法制科、情报技术科、查私科、缉私中队等7个科级部门。

南通海关的管辖区域为南通全市。随着南通市对外开放的不断扩大，南通市在苏中的龙头地位日益突出，南通海关各项业务工作不断取得好成绩，监管进出口货运量、征收关税和进口环节税等主要业务指标在关区处前列。南通海关始终保持打击走私高压态势，对各类走私违法行为严防猛打，有力地维护了本口岸的进出口秩序。

南通海关坚决贯彻“依法行政、为国把关、服务经济、促进发展”工作方针，大力推进通关作业改革，加快建设现代化海关制度，“管好自己的人，把好国家的门”，为促进经济发展，服务江苏“两个率先”做出了贡献。